بررسی فنوتیپی و ژنوتیپی انواع باکتری‌های Halomonas sp. دریاچه ارومیه
محورهای موضوعی : بیولوژی دریاشبنم ایران نژاد 1 , عباس اخوان سپهی 2 , محمد علی آموزگار 3 , امیر تکمه چی 4 , راحله پوری 5
1 - گروه میکروبیولوژی، دانشکده علوم زیستی، دانشگاه آزاد اسلامی واحد تهران شمال
2 - مرکز ذخایر ژنتیکی و زیستی ایران، جهاد دانشگاهی دانشگاه تهران
3 - آزمایشگاه اکستریموفیل ها، گروه میکروبیولوژی، دانشکده زیست شناسی، پردیس علوم دانشگاه تهران
4 - گروه پاتوبیولوژی و کنترل کیفی، پژوهشکده آرتمیا و جانوران آبزی، دانشگاه ارومیه
5 - گروه میکروبیولوژی، دانشکده علوم پایه، دانشگاه آزاد اسلامی، واحد علوم و تحقیقات تهران
کلید واژه: ژنوتیپ, فنوتیپ, دریاچه ارومیه, هالوفیل, Halomonas sp,
چکیده مقاله :
دریاچهارومیهبهعنواندومیندریاچهشوردنیاویکیازمعدوددریاچههایفوقاشباعدائمیدرجهان،دارایتنوعزیستیوسیعیازانواعمیکروارگانیسمهایهالوفیلوهالوتولرنتاست. دراینپژوهشاعضاییازجنسHalomonasکهشاملباکتریهایهالوفیلنسبیمیباشند،ازدریاچهارومیه پس از جداسازیموردبررسیهایفنوتیپیوژنوتیپیقرارگرفتند.نمونههاازمناطقمختلفدریاچهارومیهجمعآوریودرشرایطاستریلبهآزمایشگاهمنتقلشدند. سپسبرایجداسازیازمحیطهایAlkaline Peptone Water (APW)، Nutrient Broth (NB)، Nutrient Agar (NA)، MacConkey Agar (MAC)همراهبا 5 و 10درصد نمکاستفادهشد. کشتهایمربوطهبهمدت 48-24 ساعتدردمای 37-35 درجهسانتی گرادگرماگذاریشدند.برایدستیابیبهکلنیهایخالص،کشتهایمتوالیصورتگرفت. درنهایت 80 سویهبهدستآمد.اینسویه‌هابراساسویژگیهایمورفولوژیکو فنوتیپیموردمطالعهقرارگرفتند. همچنینتست‌هایتشخیصیوبیوشیمیاییوتستتحملنمکیبررویسویه‌هایجداسازیشدهانجامشد. جهتانجاممطالعاتژنوتیپیوبررسی‌هایفیلوژنتیکی، 15 سویهبرایآزمونژنتیکیبرپایهSequencing 16S rRNAانتخابشدند.برایاینمنظورDNAژنومیباکتریهایمنتخباستخراجوتوسطتکنیکPCR تکثیرشدهونتایجحاصلازSequencing 16S rRNAتوسطنرمافزارهایمربوطهویرایشوتشابهتوالیاینسویههادرمقایسهباانواعثبتشدهدربانکژنیپایگاهاطلاعاتیEzTaxon آنالیزشد. 6 سویهمتعلقبهHalomonasبودندکهدرختفیلوژنتیکیآنهابهروشneighbour-joining رسمگردید.اینسویههاازنظرفیلوژنتیکمتعلقبهگونههای Halomonas janggokensis, Halomonas gomseomensis, Halomonas boliviensis, Halomonas andesensisبودند. میزانتشابهبرایHalomonas janggokensisوHalomonas gomseomensis بیشاز 99درصد بود. برایHalomonas boliviensisونیزنیمیاز Halomonas andesensis جداسازیشده، تشابهبین 9/98- 97درصد نشاندادهشد. نیمدیگرازHalomonas andesensisتشابه 2/94 درصد رابانزدیکترینسویههایثبتشدهدرژنبانکداشتند. باانجاممطالعاتتکمیلیمانندهیبریداسیونDNA-DNAوتعیینمحتوایG+Cو ... ، اینسویههاممکناستدرگونههایجدیدیقرارگرفتهونمایندگانیازسویههایبومیدریاچهارومیهباشند.
Urmia Lake is the second largest salt lake in the world and one scarce perennial hyper saline lake. It has wide biodiversity of halophile and halotolerant microorganisms. In this study, members of the genus Halomonas including moderate halophiles bacteria were isolated from Urmia Lake and their phenotypic and genotypic properties were studied. Samples were collected from different sites of Urmia Lake and were transferred to the laboratory under sterile condition. Then Alkaline Peptone Water (APW), Nutrient Broth (NB), Nutrient Agar (NA), MacConkey Agar (MAC) supplemented with 5% and 10% salt were used for isolations. These cultures were incubated at 35-37 ˚C for 48h and repeated cultures were performed for achievement of pure cultures. Finally 80 isolates were produced. These isolates based on morphological characteristics and phenotypic surveyswere studied. Also biochemical, characterization and salinity tolerant tests were carried out on the isolated strains.For genotypic and phylogenetic studies, 15 isolates were selected for genetic experiment based on 16S rRNA gene sequence. Therefore genomic DNA of selective bacteria was extracted and was amplified by PCR technique. The results of sequencing 16S rRNA were edited by dependent softwares and sequences similarity of these strains were analyzed on comparison with registered strains in Gen-Bank of EzTaxon database. 6 isolates belonged to Halomonas sp. that phylogenetic tree was constructed by the neighbor-joining method. From the phylogenetic viewpoint, these strains belonged to Halomonas janggokensis, Halomonas gomseomensis, Halomonas boliviensis and Halomonas andesensis species. Sequence similarities of Halomonas janggokensis and Halomonas gomseomensis were more than 99%. Sequence similarities for Halomonas boliviensis and the half of isolated Halomonas andesensis showed between 97% and 98.9%. The half of other Halomonas andesensis indicated 94.2% .
