واحد حسابرسی داخلی در برخی شرکت‌های بورس تهران، کارآیی لازم را نداشته و این امر موجب تجدید ارائه صورت‌های مالی و کاهش کیفیت گزارشگری مالی شرکت شده است. همچنین در شرایطی که نوسانات ریسک در بازار سرمایه در حد بالایی است و شرکت‌ها دارای واحدهای فرعی و وابسته هستند، کیفیت گزارشگری مالی می‌تواند تحت تأثیر این ریسک‌های بازار، کاهش یابد. با توجه به این مسئله؛ هدف اصلی تحقیق حاضر بررسی اثرات وجود نظام کنترلهای داخلی و پیچیدگیهای سازمانی بر کیفیت گزارشگری مالی در شرکت‌های پذیرفته شده در بورس اوراق بهادار تهران می‌باشد. نمونه آماری تحقیق شامل 159 شرکت بوده و روش تجزیه و تحلیل داده‌ها از طریق آزمون رگرسیون چندگانه انجام شده است. نتایج تحقیق نشان داد کنترل داخلی گزارشگری مالی بر کیفیت گزارشگری مالی تأثیر مستقیم و معناداری دارد و پیچیدگی سازمان بر کیفیت گزارشگری مالی تأثیر معکوس و معناداری دارد. نتایج مربوط به متغیرهای کنترلی نیز نشان داد اندازه شرکت، اندازه هیات مدیره، استقلال هیات مدیره، مالکیت مدیریتی و نرخ بازده دارایی‌های سال جاری بر کیفیت گزارشگری مالی تأثیر مستقیم و معناداری دارند و تأثیر متغیرهای اهرم مالی و درصد سهامداران عمده بر کیفیت گزارشگری مالی معکوس و معنادار می باشد.