در دست‌نویس‌های پرشمار اختیارات بدیعی، اختلافاتی چشم‌گیر با منشأهای گوناگون به چشم می‌خورد که کار نشر ویراستی انتقادی از این کتاب را بسیار دشوار می‌سازد. مهم‌ترین اختلاف‌‌ها، یادداشت‌هایی به‌نسبت پرشمار از ابنمؤلف در شماری چشم‌گیر از دست‌نویس‌های اختیارات است که در چاپ‌های عموما نامعتبر آن آمده‌است و حتی برخی، آن‌ها را ارجاع حاجی زینالعطار به یکی از فرزندان خود انگاشته‌اند؛ اما این فرزند، این یادداشت‌ها را پس از مرگ پدر و دست‌کم تا 850ﻫ به تدریج، یا دست‌کم در سه نوبت، افزوده‌است. بهره‌گیری گسترده حسین بن علی بن حسین انصاری از اختیارات بدیعی در دستور الاطباء من قواعد الحکماء (تألیف 839ﻫ) در کنار استنساخ دو دست‌نویس اختیارات با بیشترین افزوده‌های ابنمؤلف (در 846 و 850ﻫ)، احتمال یکی بودن او و ابنمؤلف را پذیرفتنی می‌نمایاند. در این افزوده‌‌ها بیشتر، نام دیگر (به‌ویژه نام‌های محلی شیرازی)، خواص غیر معمول، ریخت‌شناسی، چیستی و انواع هر دارو آمده‌است. شماری از آن‌ها، به‌ویژه افزوده‌های مرتبط با شیراز و فارس، حاصل تجربیات شخصی ابنمؤلف و شماری دیگر، برگرفته از منابعی غالبا ناگفته است. از مقایسه این افزوده‌ها با منابع محتمل، می‌توان دریافت که ابنمؤلف از عرایس الجواهر و نفایس الاطایب کاشانی در موضوع گوهرها و عطرها و در مورد عطر از الصیدنة بیرونی (که البته در مواضعی دیگر بدان استناد کرده) بهره برده‌است. وی در افزودن مطالبی به مقاله مرکبات اختیارات از المسائل فی الطب حنین بن اسحاق و شرح ابن ابی صادق نیشابوری بر آن بهره برده‌است. تفاصيل المقالة