چکیده: زمینه و هدف: انتروکوکوس ها یکی از عوامل مهم عفونت های بیمارستانی می باشند. جنس انتروکوکوس 38 گونه دارد، که مهمترین آنها انتروکوکوس فکالیس و انتروکوکوس فاسیوم می باشند. انتروکوکوس ها، به دلیل ایجاد باکتریمی، عفونت دستگاه ادراری، اندوکاردیت، مننژیت و عفونت زخم اهمیت به سزایی پیدا کرده اند. روش بررسی: 280 نمونه ادرای جمع آوری شده از آزمایشگاه های تشخیص طبی در تهران مورد استفاده قرار گرفت. برای جداسازی و شناسایی باکتری ها از محیط کشت آگار خوندار و محیط اختصاصی کانامایسین اسکولین آزید آگار استفاده گردید و سپس کلنی های باکتری ها توسط روش های بیوشیمیایی شناسایی شدند. همچنین تایید مولکولی باکتریها توسط کیت مولکولی اختصاصی انتروکوکوس ها انجام گرفت. در نهایت حضور ژن سایتولیزین (cyl) در جدایه ها توسط روش PCR مورد سنجش قرار گرفت. یافته ها: از بین 280 نمونه بررسی شده تعداد 50 نمونه(8/17%)گونه انتروکوکوس فکالیس شناسایی نهایی شد. حضورژن سایتولیزین در 34 % از جدایه ها توسط روش PCR تایید گردید. نتیجه گیری: نتایج بدست آمده نشان می دهد که انتشار آنتروکوکوس های حاوی ژنهای بیماریزا در بین بیماران دارای عفونت ادراری می تواند برای سلامت آنها خطرناک باشد. این نتایج توجه بیشتر به رعایت بهداشت فردی را نشان می دهد. Manuscript profile

در این مطالعه، اثر نانوذرات دی اکسید تیتانیوم سنتز شده توسط باکتری باسیلوس بر کاهش بیان ژن‌های clbB و clbN باکتری اشرشیا کلی عامل ایجاد سرطان کولورکتال بررسی گردید. سنتز نانوذرات دی اکسید تیتانیوم توسط باکتری باسیلوس تکوئیلنسیس انجام شد. تشکیل نانوذرات دی اکسید تیتانیوم با پیک جذبی در nm 350 بوسیله طیف‌سنجی فرابنفش-مرئی و XRD نشان داده شد. اندازه و مورفولوژی نانوذرات توسط SEM تعیین شد، بر اساس آنالیز SEM ذرات دارای ساختار کروی با اندازه حدود nm 17/78 – 76/35 می‌باشند که وجود نانوذرات را تایید می‌کند. آزمون ضدباکتریایی نانوذرات نشان داد که با افزایش غلظت نانوذرات دی اکسید تیتانیوم و با گذشت زمان از تکثیر باکتری اشرشیاکلی جلوگیری می‌کنند که نشان دهنده رابطه معناداری بین گذشت زمان و کاهش رشد باکتری همراه با افزایش میزان غلظت نانوذرات است. بررسی تاثیر نانوذرات بر روی بیان ژن clb باکتری اشرشیاکلی از روش Real Time PCR در مقایسه با کنترل، کاهش میزان بیان ژن در باکتری تیمار را نشان داد که این کاهش از لحاظ آماری معنی‌دار است. توکسیسیته نانوذرات بر روی رده سلولی HEK293 با روش MTT پس از گذشت 48 و 72 ساعت بررسی گردید و نتایج نشان داد که نانوذرات اثر توکسیسیته وابسته به دوز و زمان داشته و میزان آن بطور معنی‌داری بعد از 72 کاهش یافت. بیشترین میزان فعالیت حیاتی سلول‌ها بعد از 72 ساعت مربوط به غلظت lµ/gµ 100 به میزان 91/89% می‌باشد. نانوذرات با اثر بر کاهش رشد و کاهش بیان ژن clb باکتری اشرشیاکلی و سمیت پائینی که روی سلول‌های HEK293 داشت می‌تواند جهت درمان سرطان کولورکتال مورد توجه قرار گیرد. Manuscript profile

دریاچهارومیهبهعنواندومیندریاچهشوردنیاویکیازمعدوددریاچههایفوقاشباعدائمیدرجهان،دارایتنوعزیستیوسیعیازانواعمیکروارگانیسمهایهالوفیلوهالوتولرنتاست. دراینپژوهشاعضاییازجنسHalomonasکهشاملباکتریهایهالوفیلنسبیمیباشند،ازدریاچهارومیه پس از جداسازیموردبررسیهایفنوتیپیوژنوتیپیقرارگرفتند.نمونههاازمناطقمختلفدریاچهارومیهجمعآوریودرشرایطاستریلبهآزمایشگاهمنتقلشدند. سپسبرایجداسازیازمحیطهایAlkaline Peptone Water (APW)، Nutrient Broth (NB)، Nutrient Agar (NA)، MacConkey Agar (MAC)همراهبا 5 و 10درصد نمکاستفادهشد. کشتهایمربوطهبهمدت 48-24 ساعتدردمای 37-35 درجهسانتی گرادگرماگذاریشدند.برایدستیابیبهکلنیهایخالص،کشتهایمتوالیصورتگرفت. درنهایت 80 سویهبهدستآمد.اینسویه‌هابراساسویژگیهایمورفولوژیکو فنوتیپیموردمطالعهقرارگرفتند. همچنینتست‌هایتشخیصیوبیوشیمیاییوتستتحملنمکیبررویسویه‌هایجداسازیشدهانجامشد. جهتانجاممطالعاتژنوتیپیوبررسی‌هایفیلوژنتیکی، 15 سویهبرایآزمونژنتیکیبرپایهSequencing 16S rRNAانتخابشدند.برایاینمنظورDNAژنومیباکتریهایمنتخباستخراجوتوسطتکنیکPCR تکثیرشدهونتایجحاصلازSequencing 16S rRNAتوسطنرمافزارهایمربوطهویرایشوتشابهتوالیاینسویههادرمقایسهباانواعثبتشدهدربانکژنیپایگاهاطلاعاتیEzTaxon آنالیزشد. 6 سویهمتعلقبهHalomonasبودندکهدرختفیلوژنتیکیآنهابهروشneighbour-joining رسمگردید.اینسویههاازنظرفیلوژنتیکمتعلقبهگونههای Halomonas janggokensis, Halomonas gomseomensis, Halomonas boliviensis, Halomonas andesensisبودند. میزانتشابهبرایHalomonas janggokensisوHalomonas gomseomensis بیشاز 99درصد بود. برایHalomonas boliviensisونیزنیمیاز Halomonas andesensis جداسازیشده، تشابهبین 9/98- 97درصد نشاندادهشد. نیمدیگرازHalomonas andesensisتشابه 2/94 درصد رابانزدیکترینسویههایثبتشدهدرژنبانکداشتند. باانجاممطالعاتتکمیلیمانندهیبریداسیونDNA-DNAوتعیینمحتوایG+Cو ... ، اینسویههاممکناستدرگونههایجدیدیقرارگرفتهونمایندگانیازسویههایبومیدریاچهارومیهباشند. Manuscript profile

سابقه و هدف: باسیلوس سوبتیلیس با توانایی تولید طیف وسیعی از ترکیبات ضد میکروبی مانند لیپوپپتیدهای خانواده ایتورین در کنترل بیولوژیک تعداد زیادی از قارچ های بیماریزای گیاهی مؤثر می باشد. این مطالعه با هدف بررسی فعالیت ضد قارچی جدایه های بومی باسیلوس سوبتیلیس علیه فوزاریوم مونیلیفورم و ورتیسیلیوم داهلیا انجام شد. مواد و روش ها: به منظور جداسازی باسیلوس سوبتیلیس از خاک پارک های جنگلی هفت منطقه از تهران نمونه برداری به عمل آمد. فعالیت ضد قارچی جدایه های باسیلوس سوبتیلیس به کمک روش چاهک گذاری بررسی شد. دو جدایه با بیشترین قطر هاله عدم رشد انتخاب و با روش PCR شناسایی شدند. محیط آگار مغذی مایع به منظور تولید بیشترین متابولیت ضدقارچی توسط جدایه های یاد شده بهینه سازی شد. سپس متابولیت های حاصل از کشت چهار روزه تخلیص و وجود ایتورین A با روش کروماتوگرافی تأیید گردید. یافته ها: از 91 سویه جداسازی شده از خاک، 23 سویه به عنوان باسیلوس سوبتیلیس شناسایی شدند. جدایه های شماره 36 و 78 به ترتیب علیه فوزاریوم مونیلیفورم و ورتیسیلیوم داهلیا بیشترین قدرت مهارکنندگی را نشان دادند. نتایج تطبیق توالی شباهت 100 درصدی این دو جدایه را به باسیلوس سوبتیلیس تأیید نمود. جدایه ها بیشترین فعالیت ضد قارچی را در محیط آگار مغذی مایع با منبع کربن گلوکز، منبع نیتروژن عصاره مخمر، pH خنثی و دمای 30 درجه سلیسیوس نشان دادند. بر اساس نتایج HPLC هر دو جدایه توانستند ایتورین A را در بازه زمانی مشابه با ایتورین استاندارد تولید کنند. نتیجه گیری: جدایه های بومی به خوبی می توانند متابولیت های ضدقارچی تولید نمایند. بنابراین می توانند کاندیدای مناسبی برای کنترل زیستی قارچ های بیماریزای گیاهی و جایگزینی برای قارچ کش های شیمیایی باشند. Manuscript profile

سابقه و هدف: میکروارگانیسم‌ ‌ های خاک نقش مهمی درکنترل بیولوژیک قارچهای بیماریزا دارند. هدف از این تحقیق یافتن باسیلوس سوبتیلیس (B.subtilis) بومی خاک با توانایی تولید لیپوپپتیدهای ضدقارچی میباشد که برای از بین بردن فوزاریوم گرامینارومFusarium graminearum) )، عامل آلودگی گندم، ذرت، سیب زمینی و بسیاری از گیاهان دیگر کارآمد است.مواد و روشها: باکتری باسیلوس سوبتیلیس از خاک اطراف ریشه گیاهان سالمِ پارکهای پنج منطقهی شمال، جنوب، شرق، غرب و مرکز شهر تهران جداسازی شد و بر اساس خصوصیات مورفولوژیک، آزمونهای بیوشیمیایی و تعیین توالی قطعهی16S rRNA مورد شناسایی قرار گرفت. فعالیت آنتاگونیستی جدایههای به دست آمده علیه قارچ فوزاریوم گرامیناروم به روش چاهکگذاری بررسی و جدایههایی که مانع رشد قارچها بودند و بیشترین هالهی عدم رشد را نشان دادند، انتخاب شدند. سورفکتین (surfactin) حاصل از باکتریهای منتخب با روش متانولی خالص گردید و با استفاده از کروماتوگرافی مایع با فشار بالاhigh performance liquid chromatography) (HPLC))، متابولیت باکتریها و سورفکتین خالص (شرکت سیگما) مورد مقایسه قرار گرفت.یافتهها: بر اساس نتایج، از بین 60 جدایه منتخب، 27 جدایه فعالیت ضدقارچی داشتند. 6 جدایه با بیشترین میزان هالهی عدم رشد قارچی برابر با 8-16 میلیمتر انتخاب شدند، سورفکتین زرد و شفاف تولیدی آنها با HPLC تایید گردید. 2 باکتری با بیشترین میزان تولید ، با روش مولکولی قرابت نزدیکی با باسیلوس سوبتیلیس را نشان دادند.نتیجهگیری: نتایج نشان میدهند که باسیلوس سوبتیلیسهای جداسازی شده از خاک، گزینه خوبی برای کنترل زیستی قارچهای بیماریزای گیاهی میباشند و بنابراین میتوانند جایگزینی مناسب برای قارچ کشهای شیمیایی باشند. Manuscript profile

سابقه و هدف: منابع بیولوژیک رنگدانه‌ها به دلیل تفاوت آن‌ها در خواص و شرایط تولید در مقایسه با روش‌های تولید شیمیایی، مورد توجه پژوهشگرانِ این رشته ها قراراست. هدف از این مطالعه جداسازی کارتنوئیدهای تولیدی از گونه‌های میکروکوکوس و رودوتورولا از منابع خاکی، بهینه‌سازی شرایط کشت برای تولید زیست توده و شناسایی رنگدانه کارتنوئیدی جدا شده بوده است.مواد و روش‌ها: این پژوهش به صورت مقطعی توصیفی بر روی 104 نمونه‌ی میکروکوس و رودوتورولا (جدا شده از خاک مناطق کویری استان کرمان) انجام گرفت. سویه‌های میکروکوکوس لوتئوس و رودوتورولا موسیلاجینوسا مولد کارتنوئید، توسط آنالیز 16S rRNA شناسایی شدند. شرایط بهینه برای تولید بیومس و کارتنوئید تعیین گردید. رنگدانه‌های جدا شده به کمک اسپکتروفتومتری و FT-IR شناسایی گردیدند.یافته‌ها: شرایط بهینه‌ی رشد و تولید رنگدانه از لحاظ دما برای هر دو تولید کننده‌ی رنگدانه دمای 25 درجه‌ی سلسیوس بوده است. pH برای باکتری‌ها 7 و برای مخمرها 5/6 شرایط بهینه را ایجاد نمود. یک درصد کربن در محیط کشت برای هر دو (باکتری و مخمر) شرایط بهینه بود و درصد نیتروژن برای باکتری میکروکوکوس لوتئوس دو درصد و برای مخمر رودوتورولا موسیلاجینوسا یک درصد بوده است.نتیجه‌گیری: داده‌های به دست آمده در مطالعه حاضر نشان دادکه میکروارگانیسم‌های شناسایی شده در این مطالعه به عنوان منبع بالقوه بومی خاک ایران در تولید کارتنوئید تجاری به حساب می‌آیند. Manuscript profile

سابقه و هدف: امروزه پلاستیکهای پر مصرف همچون پلیاتیلن به عنوان یکی از عمدهترین آلایندههای محیط زیست از طرف سازمان جهانی محیط زیست شناخته میشوند. هدف از این پژوهش جداسازی و شناسایی سویههای باکتریایی سودوموناس با قدرت تجزیه کنندگی بسته بندیهای پلیاتیلنی بوده است. مواد و روشها: نمونههای خاک جمعآوری و به منظور جداسازی باکتریهای تجزیه کننده پلی‌اتیلن از دو روش کشت مستقیم و کشت به روش پیش غنی سازی استفاده شد. پس از کشت باکتریها در محیطMSM و بررسی از نظر درصد کاهش وزن پلاستیک، سویه برتر برای استخراج DNA و PCR ژن alk-B انتخاب شد. نتایج PCR مورد توالی یابی و همچنین بررسی فیلوژنتیک قرار گرفت. یافتهها: درصد تجزیه پلیاتیلن توسط سویههای سودوموناس در بیشترین حالت 7/2% و به طور میانگین برابر با 4/5 درصد بوده است. همچنین تمامی باکتریهای تجزیه کننده جداسازی شده در این مطالعه دارای ژن alk-B بودند. نتیجهگیری: یافته‌ها نشان داد که میتوان با استفاده و بهینه سازی باکتریهای جداسازی شده از خاک روند تجزیهی مواد پلیاتیلنی را به صورت چشمگیری تسریع بخشید. به نظر میرسد که با ارتقاء روشهای ژنتیکی مبتنی بر ژنوم باکتریها به خصوص سویه سودوموناس آئروژینوزا، بتوان روشهایی را ابداع نمود که در طی آنها تمام انواع پر کاربرد پلیاتیلن در مدت زمان بسیار کمتر از حالت طبیعی مورد تجزیه قرار گیرند. Manuscript profile

سابقه و هدف: آلودگی فلزات سنگین در سراسر جهان رو به افزایش است. پاکسازی این فلزات با روش های مرسوم میکروبیولوژی در محیط های شور مؤثر نبوده و بنابراین استفاده از باکتری های نمک دوست و تحمل کننده نمک برای پاکسازی این محیط ها مورد نیاز است. هدف از این مطالعه جداسازی و شناسایی باکتری های نمک دوست و تحمل کننده نمک مقاوم به فلزات سنگین از کویر لوت بود.مواد و روش ها: پس از نمونه برداری، باکتری های نمک دوست و تحمل کننده نمک با استفاده از محیط کشت Moderate Halophilic جداسازی شدند. مشخصات مورفولوژیک و بیوشیمیایی بررسی و مقاومت سویه ها به فلزات سنگین با استفاده از روش رقت آگار برای تعیین کم ترین غلظتی از فلز سنگین که از رشد جلوگیری می نماید(MIC) سنجیده شد. سپس شانزده سویه به صورت تصادفی انتخاب و با تعیین ترادف ژن 16S rRNA شناسایی شدند.یافته ها: سلنیت و آرسنات کمترین و جیوه بیشترین سمیت را بر روی ۷۴ جدایه داشتند. حداکثر مقاومت به کادمیم، مس و کروم تقریبا یکسان بود، اما حساسیت به روی بسیار بیش تر بود. مقاومت شایان توجهی نسبت به سرب، سلنیت و آرسنات در برخی سویه ها گزارش شد. مطالعات فیلوژنتیک مشخص نمود که اکثر سویه ها از خانواده باسیلاسه و جنس باسیلوس بودند.نتیجه گیری: با توجه به مقاومت قابل ملاحظه برخی از سویه های نمک دوست به فلزات سنگین میتوان در مطالعات آتی از آن ها در بررسی عوامل مقاومت و یا پاکسازی محیط های شور آلوده استفاده نمود. Manuscript profile

سابقه و هدف: آلودگی خاک به ترکیبات نفتی و نمک اغلب بطور همزمان رخ می دهد. هدف از این مطالعه جداسازی سویه های باکتریایی تحمل کننده نمک با توانایی حذف غلظت های مختلف انواع هیدروکربن های آروماتیک چند حلقه ای (PAHs) است. مواد و روش ها: در مقاله تحقیقی حاضر، از خاک آلوده به ترکیبات نفتی دهلران نمونه برداری شد. برای جداسازی سویه های باکتریایی تجزیه کننده PAHs، از محیط کشت غنی شده با انواع PAHs، به عنوان تنها منبع کربن و انرژی، استفاده شد. توانایی تحمل سویه های باکتریایی جدا شده در غلظت های مختلف نمک مورد مطالعه قرار گرفت. سویه باکتریایی مناسب، بر اساس توانایی تولید بیوسورفکتانت، انتخاب و تجزیه زیستی انواع مختلف PAHs توسط این سویه بررسی شد. تاثیر وزن مولکولی و غلظت اولیه انواع مختلف PAHs بر روی رشد سلولی سویه باکتریایی و میزان تجزیه زیستی مطالعه شد. نتایج: از میان سویه های جداسازی شده، لبدلا گواکجینسیس سویه KDI با توانایی رشد در غلظت بالاتر از 3 درصد نمک، و تولید بیوسورفکتانت انتخاب شد. نتایج نشان داد، این سویه باکتریایی توانایی تجزیه زیستی انواع مختلف PAHs را داشته و وزن مولکولی و غلظت اولیه PAHs، با تاثیر مستقیم بر روی رشد سلولی، به صورت غیر مستقیم بر میزان تجزیه زیستی تاثیر می گذارند. نتیجه گیری: از آن‌جا‌ ‌که نمک عامل بازدارنده در تجزیه زیستی است، استفاده از سویه باکتریایی تحمل کننده نمک با توانایی تجزیه زیستی PAHs، اهمیت زیادی در حذف این نوع آلاینده ها از محیط زیست دارد. Manuscript profile