عقل‌گرایی در تقابل با تجربه‌گرایی، به معنای اعتقاد به معارف و قضایای پیشینی است. شهید صدر در دو کتاب فلسفتنا و الاسس المنطقیه للاستقراء تحلیل دقیقی از دیدگاه‌های معرفت‌شناختی بهخصوص در زمینه نزاع عقل‌گرایی-تجربه‌گرایی به عمل آورده است. ایشان مکتب معرفت‌شناختی خود را به عنوان مکتب ذاتی معرفی می‌کند که در اعتقاد به معارف پیشینی همسو با عقل‌گرایان بوده و قائل به فطری بودن اصل امتناع تناقض است، همچنین احکام ریاضی را با دیدگاهی رئالیستی و مبتنی بر نظریه انتزاع بدیهی و فطری می‌داند؛ اما در بحث از علیت، با بیان تمایز علیت عقلی و تجربی حکم بر محتمل دانستن علیت به مفهوم عقلی کرده و همچنین بدیهی بودن اصل اولیه استقراء یا همان اصل عدم مداومت تکرار را نمی‌پذیرد و از عقل‌گرایان ارسطویی فاصله می‌گیرد. با وجود اختلاف شهید صدر در برخی اصول بدیهی و سیر معرفت شناختی با عقل گرایان اما در کل او یک مبناگرای عقلی است. پرونده مقاله